همواره یکی از دغدغه های برگزاری آزمون آنلاین، حفظ امنیت آن است. در این زمینه نیازمندی های هر برگزار کننده ای می تواند متفاوت باشد. در مرحله اول در آزمون آنلاین، نگهداری و ذخیره دیتای آزمون در چند سرور بصورت همزمان انجام می شود تا احتمال از دست رفتن اطلاعات پاسخ های داوطلبان به حداقل برسد؛ به نحوی که طی 5 سال اجرای پروژه هیچ گزارشی مبنی بر از دست رفتن دیتا وجود نداشته است. همچنین در آزمون آنلاین گزینه دو با ارائه امکاناتی از جمله جابجایی رندوم گزینه ها برای هر نفر به نحوی که کلید هر شخصی منحصربفرد باشد، جابجایی سوالات هر درس برای هر فرد ، محدودیت زمان آزمون، نمایش یک سوال در هر لحظه و همچنین کنترل احتمال تقلب در پایان آزمون با الگوریتم هایی از جمله تغییر بیش از حد تراز یا نمره خام در مقایسه با سابقه دانش آموز، نتایج هیجانی و غیرممکن در آزمون، مقایسه زمان صرف شده برای سوالات و نتیجه کسب شده و همچنین مقایسه الگوی پاسخگویی کاربر با کلیدهای احتمالی لورفته، میزان تقلب به حداقل رسیده است. تنوع بخشی به این روش ها متناسب با نیاز هر برگزار کننده نیز امکان پذیر است.